双侧巧克力囊肿可能影响排卵，但多数情况下仍能排卵。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，囊肿可能干扰卵巢功能，但并非所有患者都会出现排卵障碍。若囊肿体积较大或存在严重粘连，可能抑制卵泡发育或阻碍卵子排出。建议及时就医评估卵巢储备功能，通过超声监测或激素检查明确排卵情况。
巧克力囊肿较小且未破坏卵巢组织时，卵巢通常可维持正常排卵功能。囊肿可能引起局部炎症反应，但剩余健康卵巢组织仍能完成卵泡成熟和排卵过程。部分患者可能出现黄体功能不足，表现为月经周期缩短或经前点滴出血，但基础排卵功能未完全丧失。这类患者可通过定期妇科检查监测囊肿变化，必要时在医生指导下使用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物调节黄体功能。
当囊肿直径超过5厘米或形成广泛卵巢粘连时，可能机械性压迫卵泡或阻断输卵管拾卵功能。卵巢皮质被囊肿侵蚀可能导致窦卵泡数量减少，表现为月经周期紊乱或持续无排卵。此类患者需通过腹腔镜手术剥离囊肿，术后使用注射用醋酸亮丙瑞林微球、炔雌醇环丙孕酮片等药物预防复发。对于有生育需求者，建议在生殖科医生指导下进行促排卵治疗或辅助生殖技术干预。
建议巧克力囊肿患者每3-6个月复查盆腔超声，监测囊肿增长速度。备孕期间可通过基础体温测定、排卵试纸结合超声监测排卵状态。日常避免剧烈运动导致囊肿破裂，减少摄入含雌激素较高的食物如蜂王浆。若出现持续不孕或月经异常，需及时至生殖中心进行抗苗勒氏管激素检测等卵巢功能评估。
