北京消化内科排名前五的医院是：中国人民解放军总医院、北京协和医院、北京友谊医院、北京大学第一医院、北京大学人民医院。
第一名：中国人民解放军总医院（301医院）
中国人民解放军总医院(301医院)创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。医院担负党中央、中央军委和总部首长及部分驻京部队官兵的医疗保健任务，承担各军区、军兵种转送的疑难、危重病人的诊治工作，收治全国各地的患者。医院同时又是解放军医学院，是全军一所医院办学单位。
第二名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训示范基地，临床医学研究和技术创新的核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级医院绩效考核中两次，在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十二年名列。
第三名：北京友谊医院
首都医科大学附属北京友谊医院始建于1952年，原名为北京苏联红十字医院，是新中国成立后，由党和政府建立的第一所大型综合性医院。建院初期，毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德等老一辈革命家为医院亲笔题词。毛泽东主席特别题词“减少人民的疾病，提高人民的健康水平”。1957年3月，苏联政府将医院正式移交我国政府，周恩来总理来院参加了移交仪式。1970年，周总理亲自为医院命名为“北京友谊医院”。
目前，首都医科大学附属北京友谊医院已发展为集医疗、教学、科研、预防和保健为一体的北京市属三级甲等综合医院，是首都医科大学第二临床医学院。医院设有西城院区和通州院区，其中西城院区位于首都核心区，通州院区位于城市副中心。
第四名：北京大学第一医院
北大医院创建于1915年，是我国早创办的国立医院，也是国内首批建立的临床医学院之一。北大医院前身为民国教育部批准北京医科专门学校设立附属诊察所；1946年随北京医学院与北京大学合并，由此得名“北大医院”；此后经历院系调整，2000年北京大学与北京医科大学两校再次合并，医院随之更名为“北京大学第一医院”。2008年成为中央保健基地医院。
第五名：北京大学人民医院
北京大学人民医院创建于1918年，是中国人自行筹资建设和管理的第一家综合性西医医院，初命名为“北京中央医院”，中国现代医学先驱伍连德博士任首任院长。亚洲第一例异体同基因骨髓移植、支乙肝疫苗和台体外震波碎石设备诞生在这里，推动并见证者中国医学的进步。
经过一个世纪的发展，医院现已成为集医疗、教学、科研、保健为一体的现代化综合性三级甲等医院，是国家卫生健康委员会委管医院，北京大学附属医院，北京大学第二临床医学院；同时也是国家创伤医学中心、国家血液系统疾病临床医学研究中心和首批国家疑难病症诊治能力提升工程项目组长单位。
